Foi erguida a partir de 1745, ano em que chegaram as imagens do Senhor Jesus do Bonfim e de Nossa Senhora da Guia, trazidas de Portugal pelo capitão Theodózio Rodrigues de Faria, estando concluída em 1772.
A devoção ao Senhor do Bonfim foi introduzida no Brasil no século XVIII por um capitão português que tinha realizado uma promessa caso sobrevivesse a uma tempestade no mar. O Senhor do Bonfim, uma representação de Jesus Cristo, é alvo de grande devoção, sobretudo em Salvador, capital do estado da Bahia.
“Se hoje te chamam Bonfim, foi porquê uma imagem do Cristo crucificado flutuou sobre as águas e uma tempestade quase ceifou a vida de um comerciante de escravos no meio do Atlântico.” O início dessa história aponta para a cidade de Setúbal em Portugal.
A lavagem da Igreja teve início em 1773, quando os integrantes da "Devoção do Senhor Bom Jesus do Bonfim" constituída por devotos leigos faziam com que os escravizados a lavarem e ornamentarem a Igreja como parte dos preparativos para a festa do Senhor do Bonfim.
Nesse dia, que em 2020 cai em 16 de janeiro, milhares de fiéis se reúnem na Cidade Baixa, em Salvador, para participar de missas e de uma das maiores caminhadas religiosas do estado, que ocorre entre a Igreja de Nossa Senhora da Conceição da Praia, no Comércio, e a Colina Sagrada, no Bonfim.
Ainda segundo historiadores a lavagem remete à limpeza que era realizada na basílica para a festa em louvor ao Senhor do Bonfim, desde o século XVII / XIX, no segundo domingo após a Festa de Reis.
A lavagem festiva acontece com a saída, pela manhã da quinta-feira, do tradicional cortejo de baianas da Igreja de Nossa Senhora da Conceição da Praia, o qual segue a pé até o alto do Bonfim, para lavar com vassouras e água de cheiro as escadarias e o átrio da Igreja do Nosso Senhor do Bonfim.