As células eucariontes são mais complexas quando comparadas às procariontes. Como principal critério de diferenciação entre elas, há a presença de um núcleo verdadeiro na eucarionte, em que o material genético é envolvido por uma membrana nuclear. Nessas células, não há plasmídeos.
Segundo a teoria células, o metabolismo e a reprodução são características comum a todos os seres vivos, assim como alguns componentes celulares. A membrana celular é uma membrana que todas as células, tanto eucarióticas como procarióticas possuem, é um mecanismo de defesa e de controle de entrada e saída de material.
Assim, os reinos Archaea e Bactéria compreendem os procariontes antes considerados reino Monera. Mais recentemente, foi proposta uma classificação na qual os seres vivos são divididos em três domínios: Arquea, Bacteria e Eukarya, nos quais unicamente os dois primeiros possuem esses representantes.
As arqueas (arqueobactérias) são organismos procariontes e diferenciam-se das bactérias principalmente pelo fato de suas paredes celulares não apresentarem peptidioglicanas. As arqueas, antigamente chamadas de arqueobactérias, são organismos procariontes pertencentes ao domínio Archaea.
Os procariontes consistem de duas linhagens distintas: Bactéria (ou eubacté- ria) e Archea.