Em 1572, após da morte de Mem de Sá, a Coroa portuguesa, ainda percebendo inúmeras falhas na administração da Colônia, resolveu dividir a América Portuguesa em dois Governos-Gerais: o Governo do Norte e o Governo do Sul, que tinham como capitais Salvador e Rio de Janeiro, respectivamente4.
Foi então que, para melhor cumprir suas atribuições, o Governador Geral contava com o auxílio de outros três auxiliares: o provedor-mor, o capitão-mor e o ouvidor-mor.
O Governo-Geral foi um modelo administrativo que os portugueses implantaram no Brasil em 1548 por ordem do rei D. João III. O novo modelo surgiu para substituir e complementar as Capitanias Hereditárias, um sistema que não trouxe o retorno esperado.
Duarte da Costa foi o substituto de Tomé de Sousa. Seu governo, que durou de 1553 a 1558, foi marcado pela tensão entre jesuítas e colonos em decorrência da escravidão indígena não aceita pelos religiosos.
Duarte da Costa (início do 1505 — 1560) foi um nobre e administrador colonial português. Membro do Conselho Real, foi embaixador na corte de Carlos I de Espanha. Foi nomeado como segundo governador-geral do Brasil (1553-1558).
Deveres dos Donatários: Colonizar, defender e fazer o progresso da Capitania com próprios recursos, Garantir os direitos do rei, ... Pela Carta de Doação os atos do donatário só poderiam ser julgados pelo rei, e só em caso de traição à Coroa a capitania lhe seria tomada.
Pernambuco e São Vicente foram as capitanias que mais prosperaram. Nelas haviam ocorrido experiências de ocupação agrícola desde o período da colonização acidental. Apesar de enfrentarem problemas comuns aos das demais capitanias, Duarte Coelho e Martim Afonso de Sousa obtiveram sucesso.
As únicas duas capitanias hereditárias (Pernambuco e São Vicente) que prosperaram conseguiram esse feito graças ao plantio de cana-de-açúcar na primeira e o comércio de escravos indígenas e também devido à produção de cana-de-açúcar na segunda.