A microbiota ruminal é constituída de três principais microorganismos, que são eles: bactérias, fungos e protozoários estes têm extrema importância para a segurança alimentar, exportações de carne e para a disseminação de resistência a antibióticos.
O rúmen funciona como um combinado de reservatório e câmara fermentativa dos alimentos ingeridos. Os alimentos que chegam ao rúmen pela deglutição são digeridos ou degradados por processos fermentativos realizados pelos microrganismos que vivem dentro do órgão: bactérias, protozoários e fungos.
Os produtos finais da fermentação microbiana dos carboidratos no rúmen são os ácidos graxos voláteis (AGVs), sendo o acético, o propiônico e o butírico os três mais importantes ácidos formados juntamente com os gases de dióxido de carbono (C02) e metano (CH4).
Depois de fermentados, os carboidratos dos vegetais (celulose, amido e açucares) produzirão ácidos orgânicos que serão absorvidos pelas papilas ruminais encontradas na parede do rúmen, fornecendo energia ao animal, além de vitaminas, metano e gás carbônico.
A biohidrogenação é um mecanismo natural, realizado por microrganismos ruminais, que tem por função diminuir o efeito deletério dos lipídeos, promovendo a lise de lipídeos esterificados, com posterior hidrogenação dos ácidos graxos livres (Harfoot & Hazlewood, 1988; Jenkins, 1993).
Digestão das proteínas em ruminantes Em animais ruminantes, as proteínas oriundas da dieta são degradadas pelos microorganismos do rúmen até aminoácidos, que posteriormente serão reutilizados pelas bactérias para sintetizar suas próprias proteínas.