Os vacúolos são grandes vesículas originadas do retículo endoplasmático e do complexo golgiense. São estruturas celulares membranosas e, por isso, típicas de células eucariontes. Apresentam membrana seletiva, como todas as membranas celulares.
Os vacúolos digestivos são originados a partir da fusão de lisossomos com fagossomos ou pinossomos. Em seu interior, as substâncias englobadas pelas células através da fagocitose ou pinocitose são digeridas a partir das enzimas lisossômicas.
Os lisossomos são organelas citoplasmáticas membranosas presentes em praticamente todas as células eucariontes. Em seu interior existem enzimas que realizam normalmente a digestão intracelular, porém extracelular em casos excepcionais.
A energia produzida pelas mitocôndrias é o que permite às vesículas realizarem seu papel de transportar carga do interior da célula para a superfície celular, da superfície celular para o interior, através da célula ou ao redor da célula para os mais diversos locais.
Dentro das células, a maior parte do cálcio está sequestrada no retículo endoplasmático e nas mitocôndrias. O retículo capta cálcio com mais afinidade do que a mitocôndria, absorvendo os íons quando as concentrações são menores. Mas as mitocôndrias têm maior capacidade de armazenamento.