O milho tem dez pares de cromossomos, 10n ou o que seria equivalente a 20 cromossomos . No milho, como em outros organismos vivos, os cromossomos podem ser repetidos, alterando a aparência destes, por isso, ocasiões de milho com alguns grãos escuros. O milho é um organismo que tem sido estudado pela sua genética, pois se presta à teoria do transposon ou genes saltadores, o que provoca alteração no genoma do mesmo. Atualmente, o milho e o arroz são as únicas plantas das quais se obteve a seqüência completa de seu genoma.