São constituídas de polissacarídeos ou proteínas. As fímbrias, também chamadas de pili, são composições formadas por filamentos, onde estão ligadas à função de aderência, e conjugação, pois transportam material genético. Os flagelos são composições filiformes utilizados na mobilidade da bactéria.
A cápsula bacteriana é considerada um fator de virulência pois aumenta a habilidade de uma bactéria causar doença. A cápsula protege a célula bacteriana contra a fagocitose por células eucarióticas como os macrófagos. Um anticorpo específico para a cápsula pode ser necessário para que a fagocitose ocorra.
Os principais são: alteração na permeabilidade da membrana, alteração no local de atuação do antibiótico, bombeamento ativo do antibiótico para fora da bactéria e a produção de enzimas que destroem os antibióticos.
Nas bactérias, os genes que conferem resistência aos antibióticos encontram-se geralmente em pequenos filamentos de DNA extracromossômico (os plasmídeos), transferidos de um organismo ao outro (mesmo de espécies diferentes), durante a conjugação.