Para criar novas partições siga os passos abaixo:
Primeiro, com HD sozinho e instalando o SO. Depois, com o outro HD, também sozinho, instalando o outro SO. Ao ligar o PC, basta apertar a tecla F12 e escolher qual SO bootar. Dessa maneira fica livre dos maus humores do gerenciador de boot do Win que, se entrar em crise acaba com as duas instalações.
Se você possui uma versão do Windows instalada em seu computador, mas precisa de outra versão para utilizar um programa, você pode ter 2 sistemas operacionais instalados no mesmo computador. Esse tipo de instalação chama-se dualboot, onde durante a inicialização, você escolhe qual sistema operacional deseja utilizar.
Basicamente, a ideia é instalar primeiro o Windows e em seguida o Ubuntu, assim o sistema de boot do Ubuntu (grub) irá detectar uma instalação do Windows e criará um menu de opções na hora que você ligar o computador. Nele você terá opções para inicializar o Windows ou o Ubuntu.
O WSL é um recurso opcional disponível no Windows 10 (a partir da versão 1607) que te permite executar binários e scripts em Linux diretamente no Windows, traduzindo as instruções enviadas para o sistema (as chamadas de sistema ou system calls) para uma instrução válida para o kernel do Windows.
Para executar um programa do Linux no Windows, você tem estas opções: