A principal função do farmacêutico magistral é a manipulação de medicamentos, porém essa manipulação é de grande importância pelo fato de ser um tratamento individualizado para o paciente.
Sua atuação garante a qualidade de atendimento ao paciente em consulta ambulatorial ou internado. Entre as atribuições do farmacêutico hospitalar estão aquisição, armazenamento e distribuição dos medicamentos e dos produtos de saúde. Garantir a qualidade destes produtos e seu descarte também são parte da sua atividade.
A legislação sugere que são atribuições do farmacêutico a gestão; o desenvolvimento de infraestrutura; o preparo, a distribuição, a dispensação, a informação e o controle de medicamentos e produtos para a saúde; a otimização da terapia medicamentosa; e a educação e pesquisas permanentes.
O farmacêutico que atua nas UBSs é responsável pela dispensação de medicamentos, farmacovigilância, reposição, armazenamento e controle dos medicamentos, além de promover a educação em saúde.
São atribuições do farmacêutico, as seguintes atividades, EXCETO: ... A fiscalização profissional sanitária e técnica de empresas, estabelecimentos, setores, fórmulas, produtos, processos e métodos farmacêuticos, ou de natureza farmacêutica.
1º - São atribuições privativas dos profissionais farmacêuticos: I - desempenho de funções de dispensação ou manipulação de fórmulas magistrais e farmacopeias, quando a serviço do público em geral ou mesmo de natureza privada; II - assessoramento e responsabilidade técnica em: (...)