Naruto continua cheio de gás mesmo após 23 anos de publicação e, mesmo que várias questões já tenham sido resolvidas pela trama em capítulos anteriores, outras seguem sem solução e fazendo com que os fãs tapem os buracos que encontram por conta própria elaborando teorias, sendo elas fundadas ou nem tanto assim.
Kahyō admite que as palavras anteriores de Kakashi a convenceram de que ela está errada. O Tobishachimaru em seguida, começa a balançar devido a todos os danos e um incêndio. Enquanto Kahyō se concentra para apagar as chamas, o chão começa a ceder. Kakashi leva o capitão do navio para a segurança e, em seguida, tenta resgatar Rahyō, dizendo que ele não pode salvar o mundo, se estiver morto. O navio balança novamente e Rahyō é arremessado para os braços de Kakashi. Rahyō grita o seu desejo de ter conhecido alguém como Kakashi mais cedo.
Bastante cansado de sua batalha contra Obito, Kakashi permanece no Espaço-Tempo do Kamui para suturar as feridas antes de retornar ao campo de batalha. Enquanto começa a recuperar o fôlego, ele pensa sobre tudo o que aconteceu com o novo Obito sombrio, chegando à conclusão de que Obito não abandonou realmente a Vontade do Fogo, deixando-a de lado, mas que seu encontro com Naruto o fez passar a ter "emoções conflitantes". De repente, Kakashi começa a ver e ouvir o que Obito faz através de seu par correspondente de Sharingan. Vendo a agitação contínua de Obito, Kakashi nota que Obito, mesmo não querendo admitir, estava se arrependendo de suas ações, tentando expulsar Naruto de sua cabeça e tentando rejeitar suas ideias, mas falhando. Naruto tentava continuamente fazer Obito mudar de lado e enxergar que ainda havia esperanças no mundo, e que somente seus companheiros poderiam lhe preencher.
Mas, como vimos até aqui, Kakashi é um ninja absurdamente habilidoso e não seria vencido por alunos em seu próprio jogo. O verdadeiro sentido desse teste é fazer com que o trio de alunos trabalhe em equipe para conseguir os guizos, mas como todos os alunos até então agiram individualmente, todos foram reprovados.
A beira da morte, Obito decide dar seu Sharingan para Kakashi, como um presente por sua promoção a jounin. É assim que ele consegue seu Sharingan, mesmo sem ser um Uchiha.
Depois de receber chakra de Naruto, Kakashi pensou em voltar para sua conversa com Shikaku e os feitos que ele foi capaz de realizar com Kurama na primeira vez que deu-lhe chakra. Ele mais tarde foi carregado com chakra, e atacou o Jūbi ao lado dos outros membros da Aliança. Em última análise, as Forças Aliadas conseguem separar Obito e Madara do Jūbi, o que faz com que o enorme demônio comece a atacar. Quando Kakashi se prepara para deformá-lo, ele é interceptado por Obito. Os dois homens acabam se teletransportando para o Espaço-Tempo do Kamui, mas não antes de Kakashi chamar Naruto e dizer para ele lidar com as coisas por lá.
Após se enfrentarem no exame shunin Kakashi acaba saindo vencedor, mas sua relação com Gai começou a se estabelecer. Já adultos, ambos competem em diversos mini-desafios sempre propostos por Gai de forma empolgada. Assim a rivalidade sadia entre eles aparece uma vez ou outra, mas sempre de forma equilibrada onde Kakashi venceu 50 vezes e Gai 49.
Após conseguir realizar seu objetivo, Zetsu Negro tenta tomar o Rinnegan de Obito para devolvê-lo a Madara. Kakashi e Minato rapidamente agem para detê-lo, para o qual Zetsu Negro responde se fundindo novamente com Obito, advertindo-os que a sua sintonia com Obito é a única coisa que ainda o mantêm vivo. Kakashi pergunta para Zetsu Negro quem ele é, fazendo-o responder que ele é uma manifestação da vontade de Madara, além de chamar Kakashi e seus aliados de loucos por subestimarem Madara.
Antes de sair em sua missão, Kakashi para uma batalha entre Naruto e Sasuke, que estavam prestes a se chocarem com o loiro usando Rasengan e o Uchiha usando Chidori. Em seguida, Kakashi ensinou à Sasuke sobre sua reversão da sua obsessão por poder e vingança, Kakashi faz uma palestra para Sasuke sobre o mau uso do Chidori, ressaltando que ele foi projetado para proteger os amigos, e não atacá-los. Ele encoraja Sasuke a dar maior importância aos seus companheiros do que na vingança, então o deixa para deixar suas palavras afundarem, sem saber que Sasuke foi para o lado de Orochimaru com a chegada do Quarteto do Som.
Quando a notícia de que Gaara havia sido sequestrado pela Akatsuki, o Time Kakashi foi enviado para resgatar Gaara. Após a chegada em Sunagakure, eles se agrupam com Chiyo antes de seguir caminho até o esconderijo da Akatsuki. Ao longo do caminho, eles encontraram Itachi. Kakashi foi capaz de lutar no mesmo terreno nesta batalha, mas observou que o desempenho de Itachi não era o que foi da última vez que eles se encontraram. Com uma manobra bem-cronometrada, Kakashi foi capaz de enganar e reprimir Itachi, dando à Naruto a abertura necessária para terminar a luta com seu Rasengan Gigante. Depois, eles descobriram que Itachi era apenas um sósia. Eles, então, reuniram-se com o Time Guy, que foi enviado como ajuda para o Time Kakashi, fora de um covil da Akatsuki. Porque havia uma barreira sobre a entrada, o Time Guy foi forçado a se separa para derrubar a barreira. Isto permitiu o Time Kakashi se infiltrar no covil, onde encontraram Sasori, Deidara e Gaara.
Sua batalha, em seguida, se alastra, com eles, desafiando um ao outro com várias táticas genjutsu, sempre terminando em um empate. Finalmente eles decidem lutar de verdade, Kakashi e Obito como um último sinal de respeito entre antigos aliados realizam uma saudação de desafio. Os dois se enfrentam, quase espelhando a luta que eles tiveram em sua juventude. Enquanto Obito consegue furar o ombro de Kakashi com um Bastão de Chakra, Kakashi empala Obito no peito, vencendo a luta. Embora Obito admita ter perdido, ele diz rindo que Kakashi perderia a guerra, antes de voltar ao mundo normal.
Tendo descoberto com sua derrota, Zabuza contou com ataques furtivos durante a batalha pelo sua Técnica de Ocultação na Névoa para impedi-lo de ser vítima do Sharingan de Kakashi. Em resposta, Kakashi convocou seus cães ninjas subterrâneos para localizar e capturar Zabuza, fazendo dele um alvo fácil para seu Raikiri. Antes que ele possa matar Zabuza, Kakashi foi novamente interrompido por Haku, que utilizou-se como um escudo humano e sofreu o golpe destinado à Zabuza, sendo morto no processo.
Não só Zabuza, mas outros grandes personagens poderosos como: Pain, Kakuzu, Deidara, Kisame e o próprio Raikage. Isso nos faz ter um pouco de noção sobre o quão respeitado o Kakashi é no mundo ninja.
Kakashi tem uma rivalidade, embora unilateral, um pouco infantil com Guy. Na tentativa de provar a si mesmo que é superior a Kakashi, Guy o desafia regularmente para competições de valor questionáveis. Kakashi, por outro lado, mostra muito pouco interesse em suas competições, que apenas inspira ainda mais Guy para derrotar Kakashi e a sua "atitude legal". No entanto, Kakashi fica decepcionado quando soube que Guy ensinou a Lee como abrir os perigosos Oito Portões, que o faz questionar o que Guy sente por seus alunos. No entanto, os dois homens são grandes amigos e também tem a maior confiança entre em si, vista durante a Quarta Guerra Mundial Shinobi, quando eles confiaram a proteção de seus pontos cegos um para o outro. Isso também foi ampliado no anime, onde Kakashi diz para Tsunade que ele precisaria de um segundo no comando durante a guerra e queria que Guy servisse a esse propósito.
Kakashi Hatake é conhecido por sua incrível competência como ninja, se tornando genin aos 5 anos, jounin apenas com 12 anos durante a 3º Guerra Ninja e entrando para o Esquadrão Especial da ANBU ainda aos 13 anos, se tornando a pessoa mais jovem a se tornar capitão da ANBU.
Apelando para as lembranças mais felizes de Kakashi durante sua infância, Obito enfatiza que o mundo de ilusões pode dar a Kakashi de volta tudo o que ele perdeu, criando uma ilusão de um Obito criança e Rin, que Kakashi rapidamente destrói. Kakashi recusa a oferta de um mundo de sonhos de Obito, dizendo que as ilusões nunca irão curar sua dor. Embora admitindo que o mundo real possa ser cruel às vezes, ele diz que com o apoio de seus amigos ele pode aliviar sua dor, enquanto ao rejeitar seus amigos sua dor iria apenas aumentar ainda mais. Obito zomba das palavras de Kakashi, dizendo que o apego a esses sentimentos são a fonte de sua dor e que a única forma de parar de sofrer, é se livrando desses sentimentos. Kakashi, porém, lembra a Obito da lição que ele ensinou uma vez a Kakashi: Aquele que abandona seus amigos são piores do que lixo. Como Obito fica surpreso com essas palavras, Kakashi declara que ele não irá abandonar esses sentimentos com Obito, mesmo que ele rejeite eles.
Após vários acontecimentos Kakashi e Obito vão para o Kamui juntos, onde conversam e se enfrentam em uma luta memorável com uma coreografia que merece reconhecimento. O ninja copiador sai vitorioso dessa batalha após desferir um shidori contra Obito, mas enquanto seu oponente retorna para o campo de batalha, Kakashi fica esgotado na dimensão do Kamui.
Depois de receber ajuda de Konoha, Kakashi concentrou seus esforços para selar o animal e recuperar Yūkimaru. Depois de Guren e seus capangas interromperem o selamento, o Sanbi ficou em forte agitação, e comeu tanto Naruto como Guren. Com a ajuda de Yūkimaru, Kakashi e seu esquadrão foram capazes de libertar Naruto e Guren do Sanbi. A equipe finalmente voltou ao processo de selamento, mas foi novamente detido pelos capangas de Guren, que foram fortalecidos com selos amaldiçoados, tornando-os oponentes mais formidáveis. Enquanto os ninjas de Konoha foram capazes de eliminá-los, Yūkimaru testemunhou a aparente morte de Guren, fazendo seu poder explodir em pleno vigor, fazendo com que o Sanbi se libertasse do selo e recuasse para debaixo d'água.
Ainda quando tinha cerca de 5 anos de idade, Kakashi viveu um dos maiores traumas da sua infância com o suicídio do seu pai, que havia passado por uma profunda depressão depois que ele deixou de completar uma importante missão para salvar os seus companheiros.
Kakashi perde seu Sharingan para o Madara em um ponto da guerra, mas graças a Naruto ele recupera seu olho esquerdo. Após Obito salvar a vida de seu amigo e lhe dar não só seu chakra, mas também seus dois Sharingans, Kakashi volta ao campo de batalha agora com dois Mankegyous Sharingans e um Susanoo.
O pai de Kakashi perdeu a esposa quando seu filho ainda era muito pequeno, criando seu filho sozinho e dando o máximo de si para cumprir seu papel como ninja respeitado e não deixar a desejar como pai.
Como Madara e Obito conectam-se ao Dez-Caudas por meio de galhos, Kurama pega Kakashi e Guy em sua boca para restaurar seu chakra. Kurama, compreendendo a verdadeira natureza por trás do Dez-Caudas, começa a dar instruções de como é o poder do animal. Quando Kakashi nota que Kurama está agindo como um capitão, ele acha que Kakashi tem um problema com ele, mas Kakashi apenas responde que ele gosta disso. A bondade de Kakashi para Kurama é pouco apreciada, já que o Dez-Caudas mostra notável velocidade, e rapidamente ataca Kurama. Seguindo o conselho de Kurama, Kakashi usa Kamui para teleportar Gyuuki na frente do Jūbi, e então prepara uma Bomba Bijuu de ponto-branco para atacar o demônio ressuscitado.