Experimente estas soluções. Feche o arquivo aberto em outra versão do Illustrator. Se você não conseguir fechar o arquivo, force o fechamento de todas as versões do Illustrator ou reinicie o computador. Se você estiver enfrentando esse problema para salvar arquivos, tente alterar o nome e o local do arquivo.
Para remover o fundo de uma imagem usando o Adobe Illustrator, basta selecionar o objeto em primeiro plano com as ferramentas "Caneta" ou "Varinha Mágica". Em seguida, clique na imagem com o botão direito e selecione a opção "Criar Máscara de Recorte".
No painel Camadas, selecione uma ou mais camadas ou grupos. Altere os valores de preenchimento e opacidade. (Se você selecionou um grupo, somente opacidade está disponível.)
Assim, se quiser reduzir a opacidade da camada das nuvens, basta mantê-la ativa (clicando sobre seu nome na guia de camadas, ela fica em destaque azul) e então reduzir o valor da Opacidade.
(Re) inicie o paint.net e verifique em "Ajustes" (não "Efeitos") para "Transparência"...Selecione uma cor primária ou secundária: