Nós podemos dividir esta parte do crânio em cinco partes, para facilitar os estudos: Parte anterior: o palato mole e a maxila. Parte média: o osso esfenoide, o processo petroso do osso temporal e a parte basilar do osso occipital.
O encéfalo está localizado no interior da caixa craniana, sendo chamado erroneamente de cérebro. O encéfalo tem sua origem ainda na fase embrionária, sendo formado a partir do tubo nervoso. É possível perceber, na região anterior do tubo, três regiões distintas chamadas de: prosencéfalo, mesencéfalo e rombencéfalo.
O encéfalo é formado pelo cérebro, cerebelo e tronco encefálico. Encontra-se na caixa craniana, ocupando todo seu espaço e junto com a medula e os nervos compõe o sistema nervoso. É envolvido por membranas chamadas meninges, cuja função é proteger o encéfalo e a medula contra choques mecânicos.
Superiormente ao tronco encefálico está o diencéfalo que consiste no tálamo e no hipotálamo, inclui o epitálamo e o subtálamo. Apoiado no diencéfalo e no tronco encefálico está o cérebro, a maior parte do encéfalo. O crânio e as meninges cranianas envolvem e protegem o encéfalo.
A percepção e a ação decorrentes de um estado emocional são guiadas pôr circuitos neuronais distintos dentro do cérebro. Há, provavelmente, no córtex cerebral um local responsável pela representação consciente das emoções.
Estruturas cerebrais envolvidas: Núcleos basais: Esta área se encontra hiperativa, não havendo controle entre a iniciativa do movimento e o seu controle. É como se fosse um tique nervoso. Núcleo accumbens: Esta estrutura é sempre ativada quando há sucesso na busca de satisfação e redução da ansiedade.