A segunda fase de Naruto traz uma dinâmica completamente nova para o anime: adolescentes, os personagens que nós acompanhamos desde o exame Chunin estão crescidos e mais poderosos. É em Naruto Shippuden que vemos os ninjas chegarem ao seu potencial máximo e encararem desafios que colocaram o mundo shinobi inteiro em perigo.
Marcada por batalhas contra a dupla da Akatsuki, a quarta temporada começa com a morte de Asuma nas mãos de Hidan e Kakuzu. Os ninjas de Konoha enfrentam Hidan e Kakuzu, que se mostram extremamente poderosos. Durante o acirrado confronto, Naruto consegue usar sua nova técnica: Liberação do vento - Rasenshuriken. O golpe enfraquece Hidan e permite que Shikamaru consiga vingar Asuma.
E segundo, Might Guy decide abrir os Oitavo Portão Interno de chakra para tentar derrotar Madara de uma vez por todas. Mas apesar de estraçalhar Madara com golpes absurdos, o poder de Guy ainda não foi suficiente para vencer o vilão.
Naruto passa boa parte da temporada em treinamento após perceber que seu amigo e rival Sasuke está mais forte. Ele passa a temporada desenvolvendo suas próprias técnicas, segunido à sugestão de Kakashi. A temporada termina quando os ninjas da Vila Oculta da Folha encontram com Hidan e Kakuzu, dois membros da Akatsuki. Os shinobis se preparam para enfrentá-los.
Nesta temporada, é revelada a origem do chakra por meio de Hagoromo Otsutsuki. Madara ainda segue imbatível. Guy se prontifica a lutar contra o vilão, usando toda a sua energia em troca da sua vida. Mesmo em todo potencial, ele não consegue impedir Madara, mas tem sua vida salva por Naruto.
Surpreendentemente, o espírito do pai de Naruto, Minato, surge para conversar com o protagonista e selar a raposa nele novamente. Naruto então recobra a consciência e derrota Pain.
Esta temporada marca a introdução de dois novos membros do Time 7: Sai e Yamato, e o reencontro de Naruto e Sasuke após a luta dos dois no Vale do Fim, três anos atrás.
Também composta por episódios fillers, esta temporada traz diferentes arcos e histórias. Um deles mostra Naruto precisando ajudar um cão infectado por uma misteriosa bactéria. Outro traz Shino sendo afetado por uma poção do riso. Além disso, acompanhamos a nova missão de Naruto, Hinata e Choji de escoltar um grupo de comerciantes do País dos Vegetais e protegê-los de ninjas no caminho.
Os capítulos ainda narram os eventos em torno do dojo criado por Rock Lee. Ele construiu o local para melhorar suas técnicas e receber possíveis adversários. Os episódios também trazem a missão que levou Naruto, Hinata e Kiba a ter contato com fenômenos sobrenaturais. Acompanhamos ainda a recuperação e a prova de fogo de Rock Lee. Além disso, conhecemos uma jovem ninja com capacidade de tornar realidade aquilo que desenha.
Sasuke acaba em coma selado em um barril para conter a contaminação do selo amaldiçoado. Ele é levado pelo Quarteto do Som, enquanto os demais tentam recuperá-lo. Todos correm grandes riscos na tentativa de salvar Sasuke. Sem poder esperar pelo corpo de Sasuke, Orochimaru toma outro corpo. Diferentes batalhas pela posse de Sasuke continuam. Rock Lee e Gaara chegam para ajudar o grupo. Naruto alcança Sasuke e os dois começam a lutar.
De volta à Konoha após a batalha contra a Akatsuki, Naruto fica sabendo que não deverá usar sua Rasenshuriken novamente: apesar de causar danos massivos em quem é a recebe, a técnica também acaba causando ferimentos em quem a realiza.
Naruto recusa o convite de Jiraiya de viajar e treinar com ele por três anos, e afirma que precisa treinar para salvar Sasuke. Por sua vez, Sasuke chega ao covil de Orochimaru para se tornar seu aprendiz. A organização criminosa Akatsuki discute o que fazer com essa virada dos eventos. Naruto, Sakura e Jiraiya saem em missão de resgatar Sasuke. De volta a Konoha, Sakura decide se tornar aprendiz de Tsunade para se tornar ninja médica.
As semelhanças entre o passado de Gaara e Naruto são reveladas. Contudo, o caminho que Gaara seguiu é bem mais sombrio, com o jovem ninja acreditando que seu único propósito é matar aqueles que atrapalhem seus objetivos. As batalhas do exame chunin seguem, com o aguardado confronto entre Sasuke e Gaara. A batalha, porém, é interrompida por Orochimaru e Kabuto, que dão início à invasão da Vila Oculta da Folha.
Esta temporada é marcada por dois grandes acontecimentos. Primeiro, vemos Hagoromo Otsutsuki pela primeira vez, e o Sábio dos Seis Caminhos explica a origem do chakra no mundo ninja.
O Time 7 recebe a missão de ir atrás de Sasuke, que está no covil de Orochimaru. Naruto acaba duelando com seu antigo amigo e descobre que ele está muito mais poderoso. Sai revela que tinha ordens para tentar matar Sasuke, mas desiste da ideia quando vê a amizade de Naruto pelo membro do clã Uchiha.
Naruto e Shikamaru desvendam o significado da carta enviada por Jiraya: ela dizia "O Original não é nenhum dos 6". Na sequência, Naruto sai de Konoha para treinar o Senjutsu. Enquanto treina, Pain se reúne com Konan e Tobi e anuncia que invadirá a Vila da Folha.
Uma memória de Sasuke mostra o momento em que ele encontrou, ainda criança, toda a sua família morta por seu irmão Itachi. No dia, Itachi disse a Sasuke que, se ele quisesse vingar sua família, precisaria ficar muito mais forte. E que, para desenvolver seu próprio Mangekyo Sharingan, ele precisaria matar seu melhor amigo. De volta ao presente, Sasuke diz que matará Naruto por esse motivo.
Sasuke se frustra ao ver o crescimento rápido de Naruto. Embora Kakashi impeça uma luta entre os dois e converse com Sasuke, o jovem ninja acaba aceitando o convite do Quarteto do Som para encontrar Orochimaru, para a completa tristeza de Sakura. Shikamaru, Naruto, Kiba, Chouji e Neji recebem a missão de trazer Sasuke de volta a Vila da Folha.
Um jovem aspirante a ninja de 12 anos, Naruto cresceu sob o desprezo dos moradores da Vila Oculta da Folha. Por este motivo, ele sonhava em crescer como ninja e em um dia se tornar Hokage, líder do local. Naruto entende que esse desafio será ainda maior do que esperava ao descobrir que é o hospedeiro de uma raposa demoníaca conhecida como Nove Caudas. Essa entidade devastou a Vila Oculta da Folha há 12 anos. Por este motivo, Naruto sempre foi tratado mal por sua aldeia.
Itachi Uchiha, irmão de Sasuke, chega à Vila Oculta da Folha em busca do Legado do quarto Hokage. Kakashi luta contra Itachi, enquanto relembra a conversa que teve com Jiraya. Na ocasião, Jiraya lhe pediu que cuidasse de Naruto, devido ao interesse que outras pessoas têm em conseguir as habilidades da Raposa.