Elas podem ser encontradas em oceanos profundos ou em pântanos. Essas espécies podem viver ainda em intestinos de animais ruminantes, como os bovinos, as girafas, os caprinos, os camelos, os ovinos, as lhamas e os veados. Essa classe do reino archea é capaz ainda de produzir o gás metano.
Vivem geralmente em regiões profundas dos oceanos, em áreas de pântanos e também no sistema digestório dos animais ruminantes (atuam na digestão da celulose). Estas bactérias habitam áreas aquáticas com elevada concentração de sal.
As arqueobactérias habitam ambientes inóspitos, cujas condições ambientais são caracterizadas pela elevada taxa de salinidade, grau de temperatura ou pH. Tais condições impedem que outros seres consigam sobreviver neste ambiente, fato que explica a baixa representatividade de outras espécies.
As arqueobactérias é um ser heterotrofico, que não conseguem produzir seu próprio alimento de material orgânico, por isso elas se alimentam a partir de outros seres.
Existem algumas diferenças entre estes dois grupos. As arqueobactérias não possuem peptidoglicanos na sua parede celular. ... As eubactérias possuem peptidoglicanos na sua parede celular. Não possuem lípidos pouco usuais nessa estrutura.
A principal diferença entre eubactérias e arqueobatérias está relacionada ao fato da presença ou não da estrutura da parede celular.