Os microrganismos utilizam o carbono como fonte de energia para o seu metabolismo, além de outros componentes. Com relação às necessidades de carbono, os microrganismos podem ser divididos em litotróficas ou autotróficas e as bactérias em organotróficas ou heterotróficas.
Quimioautotróficos ou quimiolitotróficos: usam os compostos químicos (gás sulfídrico (H2S), enxofre elementar (S), amônia (NH3), gás hidrogênio (H2), nitrato (NO3 -), nitrito (NO2 -) e ferro (Fe2+) como fonte de energia e usam o CO2 como fonte de carbono.
Solos utilizados para exploração agrícola geralmente ficam desprovidos de vegetação por um período, a espera da época de chuvas, antes do plantio. Durante tal período, este ambiente é basicamente um emissor de CO2 para a atmosfera, pois nenhuma vegetação está presente e nenhuma fotossíntese ocorre.
As bactérias saprófitas, assim como os fungos, conseguem alimento a partir da decomposição de matéria orgânica. São essas bactérias que, juntamente com fungos, atacam cadáveres de animais, plantas e outros tipos de matéria orgânica, decompondo-os.
Esporo são as unidades vivas de reprodução das plantas e também formas latentes de outros animais. Nas bactérias, os esporos são uma camada que a protege sendo responsável pela resistência e ao ataque dos agentes físicos e químicos da esterilização e desinfecção.