O procedimento de PCR envolve três etapas, cada uma repetida muitas vezes.
A eletroforese é um método habitualmente usado para separar e também purificar macromoléculas, principalmente ácidos nucleicos e proteínas. Essas macromoléculas são submetidas a um campo elétrico, na qual migram para um polo positivo ou negativo de acordo com a sua carga.
A concentração de agarose atua de forma importante na eletroforese, pois ela determina a faixa de tamanho das moléculas de DNA que podem ser separadas. As relações entre concentração de agarose e resolução de moléculas lineares de DNA são apresentadas na tabela abaixo (Maniatis et al., 1982).
Para desenhar primers para amplificar o gene inteiro você precisará de regiões envolta do gene. Além disso existem uma série de regras a que você precisa ficar atento para desenhar o primer como: composição de G-C, tamanho do primer, temperatura de anelamento, formação de dímeros e estruturas secundárias e muito mais.
A temperatura na qual 50% da dupla fita de DNA se dissocia para fita simples.