Algumas bactérias podem ser beneficiais aos seres vivos, auxiliando na decomposição de animais e vegetais e na produção de alguns alimentos. Exemplos: queijo, iogurte e vinagre. Muitas espécies de bactérias são utilizadas industrialmente, por exemplo na produção de insulina, iogurte e vinagre.
Os microrganismos atuam na transformação e decomposição da matéria orgânica, na ciclagem de nutrientes e no fluxo de energia no solo. Exemplos desses organismos: bactérias, leveduras, fungos, actinomicetos, protozoários e algas.
Eles na maior parte das vezes são associados a doenças, porém muitos micro-organismos realmente são responsáveis por algumas patologias que afetam não só os animais como os seres humanos. Mas, eles sempre estão presente em uma série de processos, por exemplo, o ciclo do carbono e o ciclo do nitrogênio.
Elas auxiliam: digestão de ruminantes, tratamento de esgoto, produção de antibióticos, fabricação de laticínios etc. As bactérias não são somente organismos causadores de doenças! Elas contribuem, e muito, para melhorar a qualidade ambiental e de vida de diversas espécies.
Os vírus também parecem ser importantes na regulação do nosso sistema imunológico. Em humanos, o vírus da hepatite G pode proteger contra o HIV; enquanto em ratos, o vírus da herpes é conhecido por reduzir doenças autoimunes.
Os probióticos são micro-organismos que prosperam no intestino humano e são bactérias que fazem bem à saúde. As bactérias que residem no intestino contribuem para o metabolismo, absorvem nutrientes, ajudam a manter a estrutura e a função imunológicas.