Boruto é o mangá que conta a continuação direta de Naruto, agora com o filho dele como protagonista. Escrito por Ukyo Kodachi e ilustrado por Mikio Ikemoto, a história é publicada mensalmente na Revista V-Jump e ganha novos volumes a cada 4 meses.
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Boruto foi protegido do ataque de Juugo por Konohamaru. Boruto tentou apoiar Konohamaru de longe, mas Juugo encolheu os ombros. Depois que Konohamaru tirou Juugo de sua luxúria de sangue, Boruto e os outros o seguiram até que eles descobriram que ele desmaiou com um dispositivo de injeção. Juugo acordou e eles foram atacados por outro pássaro, mas Juugo removeu o selo amaldiçoado antes que Boruto pudesse atacá-lo, e devolveu a kunai que ele usou para matar um pássaro infectado mais cedo. De volta à vila, Boruto não contou o que encontraram para o chefe da aldeia, querendo ter todas as informações primeiro. Boruto estava entre aqueles encarregados de monitorar Juugo e de procurar mais drogas tranquilizantes que suprimissem o selo amaldiçoado. Eles assistiram como a tensão de curar os pássaros fez com que ele se transformasse, recuando para sua caverna. Após o episódio, Boruto se recusou a sair e continuou investigando. Quando pesquisadores da Terra dos Rios pediram informações, Boruto mentiu e disse que não sabia nada. Boruto administrou uma dose tranquilizante em Juugo durante seu próximo episódio, seu compromisso em ajudar os pássaros a ganhar sua confiança. Boruto discutiu sua falta de progresso na investigação, enquanto era espionado por um dos pesquisadores que eles conheceram anteriormente.
Ao alcançar o irmão mais velho de Hiruga, Asaka, foi preciso convencer que Hiruga era realmente ele e que havia uma nova ameaça. Antes que uma trégua pudesse ser acordada, Deepa chegou e rapidamente derrubou os quádruplos restantes. Boruto ficou furioso e atacou o homem, apenas para sua kunai ricochetear inofensivamente no corpo de Deepa. O homem explicou que é capaz de manipular todo o carbono que está ao seu redor, inclusive em seu próprio corpo, para se tornar invulnerável. Victor chegou e revelou ser aliado de Deepa. Victor separou o jōnin do genin no time, onde Boruto e seus companheiros enfrentaram Deepa. Entre a barragem implacável de projéteis de carbono de Deepa e seu corpo impermeável, o genin foi rapidamente dominado. Boruto tentou um ataque Rasengan do tipo tudo ou nada em Deepa, mas o homem aguentou facilmente. Como Boruto e Sarada foram nocauteados, Mitsuki revelou sua Transformação Eremita para salvar seus amigos e escapar.
Acompanhado de Katasuke, eles encontraram a última localização conhecida de Konohamaru, no local da queda de um dirigível. Enquanto investigam, eles são atacados por bonecos autônomos, que Katasuke subjuga, dando à equipe a chance de destruir todos eles. Seguindo Chamaru que estava seguindo o cheiro de Konohamaru, eles descobrem que os dois jōnins desaparecidos estavam em uma caverna. Pouco depois, eles encontram Ao, que os questiona sobre o que aprenderam dentro do dirigível. Tentando silenciá-los, Ao atacou o grupo e roubou uma das manoplas de Katasuke, que ele usou para absorver o Rasengan de Boruto. Mugino então segurou Ao para baixo por tempo suficiente para desmoronar a caverna sobre ele e Ao para salvar todos, no entanto, Ao sobreviveu, levando a equipe a recuar. Depois, Konohamaru insistiu que eles deviam devolver os dados encontrados no dirigível para Konoha, que Katasuke se ofereceu para agir como uma divergência para reparar seus erros de vazamento de informações. Boruto, percebendo que o cientista tinha vergonha de suas invenções, lembrou a Katasuke que ele também odiava essas ferramentas no início, mas aprendeu que todas as ferramentas são boas ou más dependendo de como são usadas.
Quando a batalha começou, as habilidades de Boruto combinavam com as de Shojoji, mas seus contra-ventos provaram ser muito poderosos, mesmo contra o Estilo Vento: Rasengan de Boruto. Decidindo que não tinha escolha, Boruto usou seu novo Rasengan Comprimido. Ele foi capaz de superar as defesas de Shojoji e o derrotou rapidamente. Enquanto Kakashi elogiava Boruto por apresentar o plano alternativo de condensar seu Rasengan ao invés de expandi-lo, Boruto desmaiou quando suas longas horas de treinamento o alcançaram.
Apesar de suas semelhanças, os dois se diferem em algumas coisas: enquanto Naruto era um órfão, a família de Boruto está sempre lá para ele; enquanto Naruto foi condenado e exilado por crianças de sua idade, Boruto tem muitos amigos; enquanto Naruto teve que trabalhar duro para possuir suas habilidades e seu reconhecimento, os talentos de Boruto originaram a ele naturalmente, e recebe louvor sem sequer tentar. Por tudo isso, carece de uma apreciação para as coisas ganhas com esforço, fazendo-o trapacear em jogos de videogame, em vez de jogá-los como se devia, e utilizar a Manopla de Shinobi, em vez de dominar ninjutsu por conta própria. Entretanto, ele se importa com sua mãe e irmã, ficando irritado quando alguém as fere física ou emocionalmente.
Lá, eles encontraram Konohamaru lutando para se defender do ataque cruel da Árvore Divina recriada. Enquanto o ajudavam, sensei, ele explicou como a Árvore Divina não era vista desde a Quarta Guerra Mundial Ninja. Victor então se aproximou, explicando que ele pegou fragmentos da Árvore Divina morta após o fim da guerra, nutrindo-os com a célula Hashirama e as várias cobaias. Ele expressou sua alegria em como o povo da Terra dos Vales seria consumido pela Árvore Divina para produzir o Fruto do Chakra. Victor desabou no chão ao redor de Boruto e Sarada, mandando-os para o chão abaixo. Lá, eles foram abordados por Deepa. Sarada e Boruto estavam determinados a detê-lo de uma vez por todas.
Boruto progride bem sob a orientação de Sasuke, mas ele ainda quer ser o destaque dos Exames Chuunin. Ele, como tal, pede para Katasuke autorizá-lo a utilizar o Kote durante os exames, apesar do fato de que seu uso é proibido, o que compromete Katasuke. No dia da primeira fase dos exames, as equipes concorrentes recebem uma pergunta de verdadeiro ou falso. Boruto e sua equipe escolhem sua resposta e eles são despejados em um poço, que Boruto, assumindo que isso significa que eles falharam, decide não fazer nenhum esforço para salvar a si mesmo. Sarada e Mitsuki o impede de cair na tinta no fundo do poço, o que é o verdadeiro objetivo da primeira fase e, assim, lhes permitindo continuar para a segunda fase. Naruto envia um e-mail de congratulações para Boruto quando ouve a notícia; Boruto fica chateado que Naruto não enviou pelo menos um clone das sombras em seu lugar.
Sabendo que Urashiki logo escaparia e os interceptaria novamente na fronteira da Terra do Fogo, eles decidiram que Boruto distrairia Urashiki com um clone disfarçado de Shinki e carregando uma chaleira vazia enquanto Shukaku e Shinki seguiam em frente. Enquanto distraía Urashiki por um período de tempo, o inimigo logo percebeu a verdade e decidiu tomar Boruto como refém dos Hokage. Shinki, no entanto, decidiu retornar ao campo de batalha para ajudar Boruto. Enquanto Boruto e Shinki lutavam para afastar Urashiki, o Jougan de Boruto foi ativado, levando-o a perceber a esperança dimensional de Urashiki. Conseguindo ferir Urashiki, o par foi salvo por Sasuke, que forçou o inimigo a recuar. Trazido de volta a Konoha para ser tratado, Boruto viu Shinki na estação Trilho do Trovão. Depois, Shukaku ficou na casa de Uzumaki por um breve período até que um esconderijo fosse organizado, durante o qual Naruto informou Boruto sobre os animais de cauda.
Após Naruto ficar inconsciente, Momoshiki foi capaz de empalar o Rinnegan de Sasuke. Após uma batalha, Kawaki e Sasuke conseguiram fazer a personalidade de Boruto ressurgir, forçando Momoshiki a absorver mais chakra. Enquanto ainda estava desorientado, Boruto impediu Momoshiki de se teletransportar com Kawaki e quebrou seu chifre, fazendo com que seu Karma recuassen na hora. Quando ele desmaiou exausto, ele pediu desculpas pelo problema a Kawaki, que se desculpou de volta. Boruto foi alertado que Naruto perdeu repentinamente a consciência. Ao verificar seu pai, Naruto logo acordou, revelando que o uso do Modo Bárion tinha o custo da Kurama morrer, esvaziando todo chakra da raposa. Com o Rinnegan de Sasuke e o Karma de Kawaki desaparecidos, coube a Boruto usar sua marca para trazer todos de volta. Boruto lutou com medo de Momoshiki ressurgir. Isso levou Kawaki a falar sem rodeios com Boruto, insistindo que eles encontrariam uma maneira de libertar Boruto de seu fardo, mas eles devem primeiro voltar para casa. Por fim, Boruto ficou irritado o suficiente com a provocação de Kawaki para acessar um portal, permitindo que todos retornassem a Konoha. O medo de Boruto de ser tomado por Momoshiki fez com que ele evitasse dormir. Quando Naruto revelou que a progressão do seu Karma estava acelerando, ele prometeu fazer tudo o que pudesse para salvar Boruto, o que foi suficiente para acalmá-lo e voltar com a capacidade de dormir.
Shukaku se fecha em uma chaleira para não ser sentido, levando Gaara a confiar Boruto ao lado de Shinki e Kankurō escoltando a Bijuu até Konoha. Ao longo do caminho, os três foram interceptados por bonecos de Urashiki, levando Kankurō a enfrentar a ameaça sozinho, enquanto Boruto e Shinki seguiram em frente. Percebendo uma explosão onde Kankurō estava, Shinki insistiu em prosseguir, enquanto Boruto se recusou a deixar Kankurō quando ele mais precisava deles. Voltando à cena sozinho, ele encontrou Temari e Shikadai. Eles encontraram evidências de um buraco sendo cavado como um meio de escapar da explosão, levando os Konoha-nin a alcançar Shinki. Quando o fizeram, descobriram que ele estava enfrentando uma marionete danificada. Enquanto Temari e Shikadai seguravam o boneco, Boruto ajudou Shinki e Shukaku a se protegerem antes de voltar para derrotar o boneco. Depois, decidiu-se que Boruto continuasse com Shinki, enquanto Temari cuidava de seus ferimentos com Shikadai e retomou a busca por Kankurō.
Depois de seu dia de treinamento com Sasuke, os dois se sentam perto de uma fogueira e conversam. Boruto pergunta sobre os pontos fracos de seu pai. Sasuke diz a ele que Naruto tinha muitos pontos fracos, mas ainda assim ele conseguiu supera-los e se tornou Hokage. Acreditando que a abordagem de Boruto está incorreta - Sasuke explica que Naruto é melhor compreendido pelas dificuldades que ele superou em sua vida do que as falhas que ele ainda possa ter. Isto não satisfaz Boruto, então ele decide continuar o seu treinamento para os Exames Chuunin, shurikenjutsu, a especialidade de Sasuke. Durante o treinamento, Boruto tem dificuldade em atingir seus alvos - reclamando que shurikenjutsu é a especialidade de Sarada, porque ela é a filha de Sasuke. Sasuke retruca esta afirmação, aplicando o mesmo raciocínio para Boruto sobre a Técnica dos Clones das Sombras, a qual Boruto só pode criar dois, ao contrário de seu pai - que pode criar milhares.
Enquanto aguardava o próximo experimento, ele defendeu a cooperação. O experimento seguinte envolveu atravessar com uma vela cuja chama estava conectada às suas vidas, que poderia ser roubada. Através da cooperação, Boruto foi capaz de liderar a maioria dos outros cativos através do experimento, embora alguns tenham perecido como resultado do derretimento de suas velas. Quando chegaram a um elevador em movimento lento, o grupo deduziu que Ōga pretendia que eles roubassem a vela um do outro para durar sua ascensão. Lembrando as regras de como as velas funcionavam, Boruto fez com que os cativos restantes combinassem o que restava de suas velas em uma única vela de longa duração compartilhada por todos, o que permitiu que todos sobrevivessem ao passeio de elevador. Depois de chegar ao destino, o grupo de Boruto se encontrou com o grupo de Rokuro, que havia sacrificado alguns de seus membros para roubar suas velas. Apesar de desprezar Ōga, ele admitiu que Ōga mantinha suas regras.
A primeira fase do anime conta a graduação de Boruto, Sarada e Mitsuki na escola ninja, assim como as primeiras missões dele. Após isso, temos o Exame Chunin, que adapta o filme Boruto: Naruto the Movie e mostra como Boruto obteve o Karma.
Sarada e Mitsuki acompanham Boruto a um restaurante para lhe dar informações sobre os próximos Exames Chuunin, que Konohamaru acha que eles devem fazer. Boruto fica desinteressado, apesar do fato de que todos eles devem entrar como uma equipe e ignora as queixas de Sarada que seu egoísmo está a impedindo de alcançar seu sonho de se tornar Hokage. Em vez disso, Boruto só quer jogar jogos de videogame com Shikadai Nara e Inojin Yamanaka, mas ambos perdem o interesse após descobrirem que Boruto está usando um jogo salvo hackeado. Sarada e Mitsuki continuam a pressioná-lo para se inscrever nos Exames Chuunin, no entanto, só após Sarada dizer que o Hokage vai assistir as performances dos finalistas que Boruto decide participar. Boruto, em seguida, acompanha sua mãe e irmã enquanto eles caminham juntos para casa.
Percebendo como Mitsuki perdeu a calma com o ataque, Boruto pediu a Sarada para acompanhá-lo. Depois que uma luz piscou no céu, Momoshiki zombou de Boruto, deleitando-se com as histórias trocadas dele e de Kawaki. Sarada e Mitsuki encontraram Boruto, Mitsuki atacando Boruto com o Modo Eremita. Boruto ficou confuso com a acusação de Mitsuki de ter feito algo com Naruto e foge. Momoshiki explicou como seu passado e o de Kawaki foram trocados na mente de todos através da verdadeira habilidade shinjutsu de Ada, provocando-o o tempo todo. O Time 10 o emboscou, perguntando por que ele trairia a aldeia depois que acolheram. Boruto recusou a oferta de Momoshiki para assumir e matá-los, apesar de sua constante chatice. Sasuke resgatou Boruto e ambos deixaram a aldeia. Boruto perguntou sobre o resgate e Sasuke explicou que, apesar de lembrar de sua própria história com Kawaki, alguns detalhes não se somaram, como Boruto ter seu antigo protetor de testa e a presença de Momoshiki nele. Como ele não podia confiar em si mesmo, ele confiou em Sarada, dizendo a Boruto para validar sua crença. Boruto zombou de Momoshiki enquanto ele continuava a agulhá-lo sobre a situação.
Naruto apresenta o Time 7 sua primeira missão que envolveu ajudar os Monte Verde contra bandidos. Ao chegar, o time descobriu que os bandidos eram na verdade ninjas, o que levou Konohamaru a questionar se eles deveriam continuar a missão, já que era muito difícil para o genin enfrentar shinobi treinados. Enquanto Konohamaru discutia o assunto com Kiri, a vila é atacada por Ashimaru, levando Boruto a envolvê-lo até que Konohamaru se afasta do agressor antes de recuar. Kiri explicou que os shinobi estavam atacando a aldeia para convencê-la a entregá-los para a ponte da aldeia. Durante a noite, o Time 7 descobriu que várias aldeias estavam sendo controladas por genjutsu e as subjugavam. Ao descobrir que Kiri foi sequestrado durante o incidente, o Time 7 se reuniu com os perpetradores para trocar a escritura por ela. Após a troca, Hidari e Ashimaru decidem matá-los todos, levando Konohamaru a tarefa do genin em fugir com Kiri. Perseguido por Ashimaru, o genin contratou o Ninja Fugitivo e o derrotou usando o fluxo de Boruto com Mitsuki e Sarada. Completando a missão e retornando a Konoha, Boruto perguntou como seus colegas durante as primeiras missões e se gabou de enfrentar os shinobi.
Alguns após o incidente, a classe deixa Kiri de barco, levando Boruto a se perguntar por que Kagura não os viu. Ao retornar a Konoha, Hinata lembra a Boruto que ele não trouxe de volta uma lembrança para Himawari como ele prometeu. Incapaz de dizer a sua irmã, Boruto mente e diz que perdeu sua lembrança de Doces de Canela de Água Kirigakure, que ele começa a procurar na aldeia. Ao recuperá-los, ele recebeu uma carta de Kagura que explicava sua situação. Tomando a ousadia de Kagura em confrontar seus erros, Boruto decidiu presentear seu presente e admitir seus próprios erros para Himawari, que ela aceitou.