Nagato era sensível, gentil, que tinha a propensão de chorar, e ficou traumatizado com a ideia de matar os outros, mesmo para salvar seu amigo Yahiko. Assustado e inseguro de seu lugar no mundo, ele queria ajudar aqueles com que ele se preocupava, mas não sabia como. Ele sempre foi respeitoso e gentil com Konan, a quem ele chamava de seu "anjo" em Amegakure. Ele foi mostrado protegendo-a, sem pedido ou hesitação antes de sua batalha com seu antigo professor. Aparentemente, Konan era o único membro da Akatsuki que se dirigia a ele pelo seu verdadeiro nome.
Por causa da natureza já secreta de Amegakure, a notícia da morte de Hanzō nunca saiu da Vila Oculta na Chuva. Também acredita-se que a vila ainda esteja dividida pela guerra civil. Pain abraçou a ideia dos aldeões de que ele era Deus e esmagava sozinho os remanescentes leais a Hanzō sempre que eles apareciam. Todos os domingos, Pain fazia chover dentro de Amegakure ou se ele tivesse que se ausentar.
Depois de enterrar seus pais, Nagato, agora órfão, foi forçado a deixar sua casa e começar a vagar em busca de comida e abrigo. Com recursos escassos, ninguém iria ajudá-lo até que Nagato, que desmaiou de fome, foi encontrado por Konan e Yahiko, órfãos como ele.
Nagato morava com seus pais: Fusō e Ise nos arredores de Amegakure. Logo, quando ele era muito jovem, Madara Uchiha secretamente transplantou seu Rinnegan para Nagato sem o conhecimento dele ou de seus pais.
A Segunda Guerra Mundial Shinobi, a grande guerra que envolveu um grande número de vilas, e distorceu a concepção de Ngato sobre a vida humana. O menino covarde que odiava machucar pessoas tinha perdido os pais, e quando estava prestes a perder seus amigos, foi presenteado com um maravilhoso par de olhos. Um dos Três Grandes Dōjutsu, o Rinnegan.
Refletindo sobre a palestra anterior, Naruto exigiu uma oportunidade de falar com Nagato, mas foi negado e atacado pelo Caminho Deva. Depois de não conseguir utilizar o Estilo Vento: Rasenshuriken duas vezes, Naruto aproveitou o intervalo de cinco segundos do Shinra Tensei do Caminho Deva para atacá-lo com um Rasengan bem no alvo. Ele retirou um dos seus receptores de chakra e inseriu em sua pele para rastrear o sinal de volta para Nagato. Naruto, então, conseguiu vê-lo, mas quando ele chega, Nagato usa outros receptores para tentar controlá-lo. Naruto resiste, apesar de sua proximidade com Nagato. Apesar de irritado com Nagato pela morte de Jiraiya e pela destruição de Konoha, Naruto pergunta como um aluno de Jiraiya, poderia ter chegado tão longe dos ensinamentos de seu mestre. Esperando que Naruto viesse a concordar com a sua solução para a paz, Nagato disse-lhe o seu passado, de suas duas grandes tristezas e como ele chegou a acreditar que a dor iria salvar o mundo.
Para ajudar estes fãs, decidimos trazer as idades dos principais personagens de Naruto nas três principais fases do anime: Naruto Clássico, Naruto Shippuden e Boruto: Naruto Next Generations.
Ao todo, o anime tem 500 episódios (incluindo os fillers de Naruto Shippuden), e finaliza a história de Naruto, Sasuke, Sakura e Kakashi. Além disso, o anime prepara o terreno para a continuação direta da história.
Pain começou a liderar a Akatsuki em uma nova direção, secretamente aceitando a oferta anterior de apoio de Obito. A Akatsuki se recompôs com a classificação S de ninjas renegados. E logo começou a oferecer seus serviços como um grupo mercenário para vilas ninja, ganhando o dinheiro necessário para financiar seus planos de longo prazo.
No entanto, ele foi visto ser bastante respeitoso, em especial pelos fracos e mortos. Dada a insignificância dos membros da Akatsuki frequentes, muitas vezes ele acalmou-os e incentivou a melhoria das relações entre os membros. Depois de sua batalha com Jiraiya, ele realizou um momento de silêncio para o seu antigo professor, por respeito a seu poder.
Logo depois o seu corpo é levado por Konan, que faz uma aliança com Naruto, para Amegakure e colocado em um santuário, ao lado do corpo de seu amigo, Yahiko.
Segundo Kushina – mãe de Naruto, como os membros deste clã eram geralmente perseguidos por outros ninjas, a maioria dos sobreviventes acabou mudando seus sobrenomes com o passar do tempo a fim de manterem-sem escondidos.
Para o Caminho Deva, ele usou o corpo de Yahiko – ainda querendo que ele liderasse a organização em espírito. No entanto, para os outros cinco ele usou os corpos de outros shinobis diversos que, sem ele saber, conheceram Jiraiya quando estavam vivos.
Do outro lado da aldeia, os corpos de Pain restantes continuaram suas tarefas, lutando contra qualquer ninja de Konoha que se deparavam. O Caminho Deva se encontrou com Tsunade, a Quinta Hokage, que se recusou a revelar a localização de Naruto. Em outra parte, o Caminho Humano usou sua técnica de interrogatório exclusiva em Shizune descobrindo que Naruto estava no Monte Myōboku. Declarando que iria ensinar a Tsunade a dor que Konoha deveria sentir, Nagato coloca o Caminho Deva para usar o Shinra Tensei em larga escala para destruir toda a aldeia, enquanto Konan e os outros Caminhos se retiraram.
Jiraiya treinou os órfãos por três anos. Por causa de seu Rinnegan, Nagato facilmente dominou tudo o que foi ensinado. Uma vez que eles foram capazes de derrotar um de seus clones das sombras em uma luta, Jiraiya decidiu que eles estavam prontos para lutar por conta própria e ele voltou para Konoha, confiante de que trariam reformas ao país.
No anime, Nagato é mostrado sensível quando se trata de falar sobre "dor", quando Ibiki Morino usou um jutsu especial convocação que "ligava pela dor" Nagato ficou furioso (através do Caminho Animal) e gritou que "tinha nenhuma ideia do que era verdadeira dor " libertando-se do jutsu e atacando Ibiki violentamente.
Naruto Shippuden foi exibido entre os anos de 2007 e 2017 e contando a segunda fase do anime. Nela, Naruto retorna após dois anos de treinamento com a missão de combater a Akatsuki e então resgatar Sasuke das garras de Orochimaru.
Eventualmente, eles se uniram, adquiriram comida para sobreviver e compartilharam sonhos de um futuro no qual eles estariam no comando. Todavia, Yahiko tinha paixão por esse ponto de vista, o que inspirou Nagato a adotar o mesmo objetivo.