No sujeito indeterminado há um sujeito, apenas não é possível definir que sujeito é esse. Já no sujeito inexistente simplesmente não há sujeito. Sujeito inexistente ocorre em orações formadas com verbos impessoais, sempre conjugados na 3. ª pessoa do singular.
De fato, o bloco "Quem ama" funciona como sujeito de "educa", e, por via de regra, não se separa sujeito de predicado por vírgula.
O fato é que a vírgula obedece a critérios sintáticos, não se devendo separar os termos da oração unidos sintaticamente, ou seja, colocar vírgula entre sujeito e verbo, entre verbo e complementos, a não ser que haja encaixes entre esses elementos. Vírgula entre sujeito e predicado/verbo é erro, consequentemente.
Observe frases como as seguintes:"Quem viver verá", "Quem ama educa", "Quem tudo quer tudo perde". "Quem viver", "Quem ama" e "Quem tudo quer" exercem a função de sujeito, respectivamente, de "verá", "educa" e "tudo perde". Daí não haver vírgula nesses períodos.
A ordem canônica de uma frase em língua portuguesa é sujeito, verbo e complementos. Quando essa sequência é respeitada, não se coloca vírgula alguma. Então, resumidamente, não se separa por vírgula sujeito e predicado, nem verbo e complementos.