Seu governo foi marcado por ideais de reurbanização, modernização e saneamento básico, sobretudo no Rio de Janeiro, na época capital da República, a qual apresentava construções irregulares, acúmulo de lixo e proliferação de diversas doenças, das quais se destacam a febre amarela, a peste bubônica e varíola.
No governo conhecido como Quadriênio Progressista, devido à excelente administração, remodelou-se os portos, ampliou-se a rede ferroviária e desenvolveu-se obras de urbanização e modernização da cidade do Rio de Janeiro.
Eleito, pela segunda vez, presidente da República em 1918, não tomou posse por motivo de saúde. Faleceu no Rio de Janeiro, em 16 de janeiro de 1919. Rodrigues Alves centrou suas atenções no programa de remodelação urbana e de saneamento da capital da República.
A cidade do Rio de Janeiro, no governo de Rodrigues Alves, teve como prefeito Pereira Passos, um engenheiro que promoveu uma grande reforma urbana na cidade, começada em 1903. Algumas doenças, como a varíola e a febre amarela, precisavam ser erradicadas, e a reforma urbana fazia parte dessa erradicação.
O combate às doenças foi liderado pelo médico sanitarista Osvaldo Cruz. Estudioso das doenças tropicais, Osvaldo Cruz conseguiu que o governo decretasse a Lei da Vacina Obrigatória, que forçava toda a população a se vacinar para proteger-se das doenças epidêmicas.
Na época, a cidade convivia com uma variada gama de problemas provenientes de um processo de inchaço urbano decorrente da abolição da escravidão e da imigração européia. Milhares de ex-escravos e estrangeiros pobres se amontoavam em habitações precárias desprovidas de qualquer planejamento necessário.
Com o auxílio do prefeito carioca Pereira Passos, o governo empreendeu uma grande reforma dos bairros e ruas da antiga capital federal inspirada nos padrões dos modernos centros urbanos europeus. ... Com isso, vários conflitos tomaram as ruas cariocas em um incidente conhecido como "A Revolta da Vacina".
Eleições de 1918 e morte Em 1o de março de 1918 Rodrigues Alves foi novamente eleito presidente da república, sendo eleito como seu vice Delfim Moreira. Em outubro de 1918, próximo à posse presidencial, Rodrigues Alves contraiu a gripe espanhola, que assolava o país no período.
Gripe Rodrigues Alves/Causa do falecimento
O governo de Rodrigues Alves inaugurou a "política de valorização do café". Idealizada pelos cafeicultores de Minas Gerais, São Paulo e Rio de Janeiro, seu objetivo era solucionar o problema da superprodução do café num momento em que os preços do produto no mercado mundial estavam em queda.