O microbioma humano ou microbiota humana é a soma de todos microorganismos que residem nos tecidos e fluidos humanos, composto principalmente de bacterias. A microbiota humana normal também inclui alguns fungos, archaea e vírus. Cada local anatômico (pele, boca, intestino, vagina...) possui seu microbioma específico.
O termo microbiota intestinal refere-se à população de micro-organismos, como bactérias, vírus e fungos, que habita todo o trato gastrointestinal, e tem como funções manter a integridade da mucosa e controlar a proliferação de bactérias patogênicas – isto é, consideradas perigosas.
A microbiota residente tem um papel fundamental no para a manutenção e saúde do organismo. Durante o nascimento, o bebê vem de um ambiente estéril e entra em contato com uma variedade de microrganismos que irão colonizar suas superfícies e desempenhar diversas funções.
Nestas condições a microbiota residente pode ser incapaz de suprimir patógenos transitórios, ou mesmo, alguns membros da microbiota podem invadir os tecidos do hospedeiro causando doenças muitas vezes graves. Em indivíduos sadios, algumas espécies de bactérias da microbiota oral causam cáries em 80% da população.
Podem ser distinguidas a microbiota residente, constituída por organismos específicos, encontrados, freqüentemente, em determinadas áreas e a microbiota transitória, que consiste de microrganismos provenientes do ambiente, que habitam a pele e as superfícies mucosas por horas ou poucas semanas.
Eles estão em equilíbrio com o corpo humano e tem funções distintas: decompõem compostos que seriam tóxicos, na sua ausência, estimulam o sistema imunológico, estão presentes na síntese de algumas vitaminas e aminoácidos.
A microbiota intestinal é muito importante na condução de vários aspectos do desenvolvimento e regulação de tecidos imunes do hospedeiro, das populações de células imunitárias e mediadores imunológicos.