A filosofia, considerada a base de todas as ciências, a história, e a medicina foram áreas de uma proeminente produção no período. Até então apenas a religiosidade era a responsável por dar respostas às questões humanas: as doenças eram justificadas pela vontade dos deuses, os eventos históricos também.
Durante a Idade Média, aconteceu um sincretismo entre as crenças religiosas e o conhecimento clássico. Assim, os filósofos medievais foram influenciados pelas obras de Aristóteles, que foram conservadas e traduzidas pelos árabes Averróis e Avicena. Platão também influenciou o pensamento medieval.
Disso, resultou que a Igreja Católica foi a guardiã de todo o conhecimento produzido no mundo ocidental até o fim da Idade Média, conhecimento esse muito bem guardado de forma a se tornar inacessível ao homem comum, afinal, esse deveria ser protegido do mal representado pela ciência.
A Idade Média produziu conhecimento sob pressupostos racionais e experimentais, como nos atesta o pensamento de Boaventura de Bagnoregio. As expressões “ciência experimental” e “conhecimento racional ou da natureza” aparecem com freqüencia os escritos dos mestres medievais, especialmente na baixa Idade Média.