Bacamarte resolve se dedicar aos estudos da psiquiatria e constrói na cidade um manicômio chamado Casa Verde para abrigar todos os loucos da cidade e região. Em pouco tempo o local fica cheio e ele vai ficando cada vez mais obcecado pelo trabalho.
Empenhado em seus estudos voltados para a psiquiatria, Simão começa a ter muitos internos que viviam em Itaguaí e arredores. Isso porque o médico começou a enxergar loucura em muitas pessoas. Costa, um homem que perdeu toda sua herança, foi considerado louco pelo alienista.
O Alienista alcança temas de psicopatologia forense (dado que a loucura é o eixo da narrativa), de tributação (a criação do asilo de loucos exigiria recursos), da relação entre política e Direito (a casa dos alienados decorria da autoridade e do prestígio de seu diretor, o Dr. Simão Bacamarte).
A Casa Verde foi o nome dado ao asilo, por alusão à cor das janelas, que pela primeira vez apareciam verdes em Itaguaí. Inaugurou-se com imensa pompa; de todas as vilas e povoações próximas, e até remotas, e da própria cidade do Rio de Janeiro, correu gente para assistir às cerimônias, que duraram sete dias.